วัดชายนาได้รับการสันนิษฐานว่าเป็นวัดสมัยกรุงศรีอยุธยา   โดยพิจารณาจากถาวรวัตถุอันสำคัญคือ โบสถ์  ซึ่งมีลักษณะเป็นโบสถ์ยุคแรกทางพระพุทธศาสนาที่นิยมทำขนาดความยาวไม่เกิน ๗ ก้าว กว้างพอจุพระครบองค์   สังฆกรรมตามบัญญัติในพุทธศาสนาได้เท่านั้น   มีประตูเข้าด้านหน้าเพียงด้านเดียว  ไม่มีหน้าต่างแต่มีช่องหรือรูระบายอากาศที่ฝาผนัง   ผนังด้านหลังพระพุทธรูป    เสาติดผนังและผนังด้านข้างมีร่องรอยภาพเขียนจิตรกรรมฝาผนังแต่ลบเลือนไปมาก  จากหลักฐานดังกล่าวนี้พร้อมด้วยกระเบื้องหลังคาเก่าที่ฝังจมดิน   ทรงหลังคา  ภาพเขียนสี   พระประธาน  และประณีตศิลป์ที่ปรากฏบนบัวหัวเสาและฐานชุกชีนั้น         อาจารย์ประเวศ  ลิมปรังษี  หัวหน้าแผนกช่างสิบหมู่  กองสถาปัตยกรรม  กรมศิลปากรได้สรุปว่าเป็นฝีมือช่างสมัยอยุธยา  และกรมศิลปากรประกาศขึ้นทะเบียนโบราณสถานในราชกิจจานุเบกษา เล่ม ๑๑๘   ตอนที่ ๑๒๗ง. วันที่ ๒๑ ธันวาคม ๒๕๔๔  เป็นโบราณสถานวัดชายนามีพื้นที่ประมาณ  ๙๐ ตารางวา
       เมื่อพระอาจารย์ธมฺมธโรได้เข้ามาวัดชายนาขณะนั้น วัดชายนาได้ถูกรวมไว้กับวัดท้าวโคตรเนื่องจากวัดท้าวโคตรถือเป็นวัดที่มีพระสงฆ์อยู่จำพรรษาอย่างถูกต้อง และเรียกวัดชายนานั้นว่าวัดท้าวโคตร หรือวัดท้าวโคตรใน หรือวัดชายนาร้าง
       แต่กระนั้นมีหลักฐานทางราชการปี ๒๔๗๓   ซึ่งมีการจัดทำบัญชีสำรวจที่ดินวัดร้างในแผนกสรรพากรจังหวัดนครศรีธรรมราช อันดับที่ ๒๓ ว่าวัดชายนา(ร้าง) ตั้งอยู่ใน ต.นา  อ.เมืองนครศรีธรรมราช  ไม่มีผู้เช่า   ต่อมามีการแจ้งสิทธิ์ครอบครองรับเอกสาร ส.ค.๑ เลขที่ ๑๐๐ ลงวันที่ ๒๓ พฤษภาคม พ.ศ.๒๔๙๘   เช่นนี้          วัดชายนาจึงยังคงมีชื่อว่า วัดชายนา และวงเล็บว่า ร้าง 
       วัดชายนาร้างนั้นมีสภาพดังสำนักสงฆ์   มีพระภิกษุสงฆ์จำพรรษาบ้างและบางขณะถูกปล่อยร้างสลับกันไป  หลักฐานที่ชัดเจนในการใช้พื้นที่อาณาบริเวณนี้เป็นที่ประกอบกิจกรรมทางพุทธศาสนา คือ  ปีพุทธศักราช ๒๔๗๗  พุทธธรรม-สมาคม สาขานครศรีธรรมราช  ซึ่งพยายามจัดหาสถานที่วิเวกสำหรับพระภิกษุสามเณรเพื่อปฏิบัติธรรมขั้นสูงโดยสะดวก  ได้เลือกวัดชายนาซึ่งเป็นวัดร้างเปิดเป็นสถานที่วิปัสสนาธุระในวันที่ ๒๑ กรกฎาคม พ.ศ.๒๔๗๗   โดยนิมนต์พระมหาเงื่อม หรือท่านอาจารย์พุทธทาสภิกขุ เป็นผู้ทำพิธีเปิด ท่านได้แสดงพระธรรมเทศนาและได้ตั้งชื่อเรียกสถานที่วัดชายนานั้นว่า “สวนพุทธธรรมปันตาราม” แปลว่า สวนหรือ   ป่าสงัดอันเป็นปัจจัยแห่งการบรรลุพุทธธรรม
       ในการเปิดสำนักวิปัสสนาดังกล่าว  มีประชาชนชาวพุทธเลื่อมใสศรัทธามาก ต่างให้ความร่วมมือสร้างเสนาสนะที่จำเป็นขึ้นหลายอย่าง  เช่น  พุทธธรรมสมาคมได้สร้างกุฏิหลังใหม่สำหรับอาจารย์ใหญ่    หมื่นแจ้งภารกิจสร้างกุฏิ ๒ หลัง          แม่ชีนาคและคณะได้สร้างกุฏิแม่ชีขึ้น ๔ หลัง  สำหรับพระภิกษุสงฆ์อีก ๘ หลัง รวมเป็น ๑๕ หลัง  และหมื่นแจ้งภารกิจได้สร้างบ่อน้ำขึ้น ๑ บ่อ
       จากนั้นสมาคมฯ ก็ได้นิมนต์พระมหาจุนท์ จากสวนโมกข์พลารามมาจำพรรษาเป็นองค์แรกสอนตามระบบ “อาณาปานสติ” อยู่ชั่วระยะหนึ่งแล้วก็จาริกไปสอนที่อื่น
       ต่อมาพระอาจารย์ศรีนวล  จากนครพนม สอนแบบ “พุทโธ” อยู่ระยะหนึ่งแล้วจาริกไปสอนที่อื่นอีก
       พระอาจารย์นุ่ม  จากภาคกลาง  สอนแบบ “อรหันต์” แล้วจาริกไปที่อื่น
       พระอาจารย์สำคัญ  จากวัดปากน้ำภาษีเจริญ จังหวัดนนทบุรี  สอนแบบ “สัมมาอรหันต์”  มีผู้สมัครเป็นศิษยานุศิษย์เป็นจำนวนมาก  แล้วก็จากไปที่อื่น
       พระอาจารย์เลื่อน จากสงขลา สอนแบบ “ยุบหนอพองหนอ”  อยู่ระยะหนึ่งแล้วจากไป
       ต่อมาเนื่องจากเกิดสงครามโลกครั้งที่ ๒ และพวกญี่ปุ่นยึดเมืองนครศรีธรรมราชได้ในพ.ศ.๒๔๘๕  กิจการพุทธธรรมสมาคมชะงักลงระยะหนึ่ง  ความสัมพันธ์ระหว่างสมาคมกับสำนักวิปัสสนาฯแห่งวัดชายนาขาดตอน           “สวนปันตารามของพุทธธรรมสมาคม” ถูกขนานนามใหม่ว่า “สำนักชีนารีสวรรค์” เพราะระหว่างนั้นไม่มีพระในสำนัก มีแต่แม่ชีปฏิบัติธรรมอยู่อย่างอิสระไม่ขึ้นกับใครและต่อมาสำนักชีนารีสวรรค์แห่งวัดชายนาร้างได้เปลี่ยนชื่อใหม่อีกว่า “วัดท้าวโคตรใน” แต่ผู้เฒ่าผู้แก่ยังคงเรียกสำนักนี้ว่า วัดชายนา อยู่ตามเดิม
       กระทั่งปี พ.ศ.๒๕๐๕   ท่านพระอาจารย์ธมฺมธโร    ได้เข้าบุกเบิกงานสอนการเจริญมหาสติปัฏฐานสี่อย่างจริงจัง  ในปีแรกมีพระมาศึกษา ๗ รูปด้วยกัน     ท่านสอนการปฏิบัติอยู่หนึ่งปี พอขึ้นปีทีสองเท่านั้นชื่อเสียงของท่านก็โด่งดังไปทั่วทั้งเมืองนครศรีธรรมราช  มีพระภิกษุ สามเณร อุบาสก อุบาสิกา พากันมาศึกษาปฏิบัติธรรมกับท่านมากมาย  บรรดานักปราชญ์นักธรรมและแม้แต่นักกฎหมายหลายท่านต่างก็เดินทางมาพบท่านเพื่อสนทนาสอบถามปัญหาธรรมต่างๆ
       ในปีพ.ศ.๒๕๑๕  ท่านพระอาจารย์ธมฺมธโรได้ให้ชื่อสำนักวิปัสสนาใหม่ว่า “สำนักวิปัสสนากัมมัฏฐาน สวนพุทธธรรม วัดชายนาร้าง” เพื่อให้สอดคล้องกับชื่อเดิมว่า “สวนพุทธธรรมปันตาราม” และ “วัดชายนา”    
       ต่อมาท่านดำริกับคณะสงฆ์และศิษยานุศิษย์ว่าจะจัดให้มีการประชุมสัมมนา     พระวิปัสสนาจารย์ขึ้นเพื่อสัมมนาการปฏิบัติระหว่างพระวิปัสสนาจารย์   และเพื่อ ไขข้อข้องใจในหลักการเผยแผ่ธรรมของท่านด้วย       การจัดการประชุมสัมมนา    พระวิปัสสนาจารย์นี้ได้รับประทานเมตตาจากสมเด็จพระสังฆราชปุ่น ปุณสิริ   หรือสมเด็จป๋า วัดโพธิ์  ซึ่งขณะนั้นดำรงตำแหน่งเป็นสมเด็จพระวันรัตมาเป็นประธานเปิดการประชุมสัมมนาพระวิปัสสนาจารย์ ครั้งที่ ๑  ปีพ.ศ.๒๕๑๒                        มีพระวิปัสสนาจารย์จากที่ต่างๆ มาประชุมกันนับเป็นห้าร้อยรูป    
       ด้วยการยืนหยัดในการเผยแผ่ธรรมของพระอาจารย์แป้น ธมฺมธโร  ได้พิสูจน์ให้ผู้ปฏิบัติตามสามารถรู้แจ้งเห็นจริงตรงตามคำสอนของพระพุทธองค์จนเป็นที่ยอมรับของพระเถระคณะสงฆ์รวมถึงพุทธศาสนิกชน  ท่านมีศิษยานุศิษย์มากมายทั้งที่เป็นชาวต่างประเทศ ดังเช่น พระมหานาคเสน พระภิกษุชาวอินเดีย            พระมหาโฆษนันทะ พระสังฆราชชาวเขมร (มรณภาพเมื่อปี ๒๕๕๐)  ชาวตะวันตกอีกหลายรูป  หลายคน   และศิษยานุศิษย์ที่ตั้งสำนักปฏิบัติธรรมต่างๆ ต่อมาได้แก่
       พระอาจารย์จำเนียร  สีลเสฏโฐ   ซึ่งได้เข้ามาศึกษาธรรมกับท่านพระอาจารย์ ธมฺมธโร  ณ วัดชายนาได้ประมาณ ๔ ปี      ก็มีชาวบ้านยกขบวนมาขอให้ท่าน    พระอาจารย์ธมฺมธโรไปสอนการปฏิบัติที่อำเภอพุนพิน  จังหวัดสุราษฎร์ธานีบ้าง เพื่อเป็นหลักทางใจแก่ญาติโยมที่นั่น  ท่านก็พิจารณาให้พระอาจารย์จำเนียรไปสอนธรรมะแก่ญาติโยมที่วัดสุคนธาวาส  อำเภอพุนพิน  จังหวัดสุราษฎร์ธานี  และต่อมาพระอาจารย์จำเนียร ก็ได้เปิดศูนย์วิปัสสนากัมมัฏฐานวัดถ้ำเสือ    จังหวัดกระบี่
       ต่อมาท่านพระอาจารย์ธมฺมธโรก็ไปบุกเบิกสถานที่เป็นป่าเขารกร้างจนกลายเป็นที่อยู่อันสงบวิเวก  ก่อตั้งเป็นสำนักวิปัสสนาวัดเขากิ่ว  จังหวัดเพชรบุรี   โดยมอบหมายให้ศิษย์กัมมัฏฐานผู้ประพฤติดี ปฏิบัติชอบของท่านคือ พระอาจารย์ต่อมหรือพระครูญาณวิวัฒน์  เป็นผู้ดูแล ปัจจุบันเรียกว่าศูนย์วิปัสสนากัมมัฏฐาน วัดไร่ดอน วงเล็บเขากิ่ว  เพื่อเผยแผ่ธรรมแก่ผู้ปรารถนาความสุข  ความสงบ และมุ่งหวังพระนิพพานอันเป็นที่สุดของพระพุทธศาสนาต่อไป
       ในตอนนั้นปีพุทธศักราช ๒๕๑๔  โยมผู้หญิงชื่อตาล  ชาวเขาดิน  มีความศรัทธาเลื่อมใสในการปฏิบัติของท่านพระอาจารย์ธมฺมธโรมาก  ปรารถนาที่จะยกที่นาและบ้านหลังหนึ่งถวายเพื่อให้ท่านจัดเป็นวัดปฏิบัติธรรม สมเด็จพระสังฆราช (ปุ่น ปุณณสิริ)  ท่านก็ได้เสด็จมารับที่ดินในตำบลดอนมะสังข์  อำเภอเมือง  จังหวัดสุพรรณบุรีจากโยมแม่ตาล  ชาวเขาดินพร้อมด้วยบุตรธิดาในวันที่  ๒๒  เมษายน  ๒๕๑๔  และได้มอบให้ท่านพระอาจารย์ธมฺมธโรสร้างวัดโดยสมบูรณ์แบบต่อไป
       สร้างวัดไทรงามจนเป็นสถานที่ปฏิบัติวิปัสสนากัมมัฏฐานให้ความสงบร่มเย็นทั้งกายใจแก่พระภิกษุ สามเณร อุบาสก อุบาสิกา
       ในการเปิดศูนย์ปฏิบัติธรรมวิปัสสนากัมมัฏฐานครั้งแรก  สมเด็จพระอริย วงศาคตญาณ สมเด็จพระสังฆราช (ปุ่น  ปุณณสิริ)  แห่งวัดพระเชตุพนวิมลมังคลาราม  ราชวรวิหาร กรุงเทพมหานครสมัยดำรงตำแหน่งสมณศักดิ์เป็นสมเด็จพระราชาคณะ ที่ สมเด็จพระวันรัต ทรงเป็นประธานในการเปิดสำนักสงฆ์  และทรงปลูกต้นไทร  มีลักษณะงามสมบูรณ์ไว้เป็นต้นแรก  และประทานนามว่า “ไทรงาม” เป็นอนุสรณ์  และพระอาจารย์ธมฺมธโรได้รับอาราธนาจาก  สมเด็จพระวันรัต ให้เป็นผู้รักษาการเจ้าสำนักศูนย์ปฏิบัติธรรมวิปัสสนากัมมัฏฐาน  นับตั้งแต่ปีพุทธศักราช ๒๕๑๔  เป็นต้นมา 
    เมื่อพระอาจารย์ธมฺมธโร  ได้รับอาราธนาเป็นประธานสงฆ์ ณ สำนักวิปัสสนากัมมัฏฐานวัดไทรงามธรรมธราราม  จังหวัดสุพรรณบุรีแล้ว     ในปีพ.ศ.๒๕๑๗  จึงได้แต่งตั้งพระแจ้ง จนฺทวณฺโณ หรือพระครูภาวนาจันทคุณ  ผู้เป็นศิษยานุศิษย์ให้เป็นประธานสงฆ์วัดชายนา   สืบทอดการสอนการเจริญวิปัสสนากัมมัฏฐานในมหาสติปัฏฐาน สี่   กระทั่งคณะสงฆ์และพุทธศาสนิกชนปรารภที่จะยกวัดชายนา (ร้าง) ให้เป็นวัดที่มีคณะสงฆ์อยู่ปกครองและจำพรรษาที่สมบูรณ์แบบต่อไป
    วันที่ ๑ เมษายน พ.ศ.๒๕๓๙   ทางกรมการศาสนาโดยความเห็นชอบของมหาเถรสมาคม  ได้ประกาศยกวัดชายนาร้างขึ้นเป็นวัดมีพระภิกษุอยู่จำพรรษา       และในวันที่  ๑๕  พฤษภาคม  พ.ศ.๒๕๓๙   พระราชปฎิภาณโสภณ เจ้าคณะจังหวัดนครศรีธรรมราชได้แต่งตั้งให้พระครูสมุห์แจ้ง  จนฺทวณฺโณ   ดำรงตำแหน่งเป็นเจ้าอาวาสวัดชายนา 

       ด้วยผลงานการเผยแผ่การสอนวิปัสสนากัมมัฏฐานให้กับเยาวชน  ประชาชน  ตลอดมา  พระครูสมุห์แจ้ง  จนฺทวณฺโณจึงได้รับประทานปสาทนียบัตร เป็นผู้บำเพ็ญประโยชน์อบรมสั่งสอนนิสิตฯ จากสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปรินายก ในปีพุทธศักราช  ๒๕๓๓ และ ๒๕๓๔  

        และในปีพุทธศักราช  ๒๕๓๕ ได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้ตรวจการทางวิปัสสนาธุระ ของศูนย์ส่งเสริมการศึกษาและปฏิบัติธรรม จากสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปรินายก และพระธรรมธีรราชมหามุนี  

 ต่อมาวันที่  ๕  ธันวาคม พ.ศ.๒๕๔๔   รับพระราชทานสมณศักดิ์-พัดยศ เป็นพระครูสัญญาบัตร  เจ้าอาวาสวัดราษฎร์ชั้นโทฝ่ายวิปัสสนาธุระ ที่ พระครูภาวนา     จันทคุณ

       และเมื่อวันที่  ๕  ธันวาคม  พ.ศ.๒๕๕๐  ได้รับพระราชทานเลื่อนสมณศักดิ์-พัดยศ เป็นพระครูสัญญาบัตร  เทียบผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดพระอารามหลวงชั้นเอก  ฝ่ายวิปัสสนาธุระ  
       จึงนับว่าพระครูภาวนาจันทคุณได้รักษาและสืบทอดการเผยแผ่ธรรมในแนวมหาสติปัฏฐาน สี่ ของพระครูภาวนานุศาสก์ได้อย่างมั่นคงและอย่างดี